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              首頁 > 商務會議 > 醫療醫學會議 > 2018分子模擬與蛋白互作研習班(12月北京班) 更新時間:2018-12-06T10:45:34

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              2018分子模擬與蛋白互作研習班(12月北京班)
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              2018分子模擬與蛋白互作研習班(12月北京班) 已過期

              會議時間:2018-12-10 09:30至 2018-12-12 17:00結束

              會議地點: 北京  北京市計算中心  海淀區豐賢中路7號

              會議規模:暫無

              主辦單位: 中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會

              發票類型:增值稅普通發票 增值稅專用發票

              行業熱銷熱門關注看了又看 換一換

                    會議介紹

                    會議內容 主辦方介紹


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班(12月北京班)

                    2018分子模擬與蛋白互作研習班(12月北京班)宣傳圖

                    蛋白質組學是研究生命科學現象與科學規律的重要途徑,在各個研究領域都有廣泛應用。

                    有許多蛋白質相關的數據庫資源及生物信息學分析工具,在研究蛋白質的鑒定、結構分析與模擬、蛋白與核酸相互作用、與蛋白-蛋白相互作用、分子對接,乃至分子相互作用網絡等各個層面為科學研究提供助力。

                    為進一步推進相關研究發展,助力廣大科研工作者提高蛋白質組學相關數據分析及生物信息學技能,

                    北京市計算中心生物計算事業部推出“蛋白質組學及分子模擬”研習班。歡迎您參加! 

                    【主辦單位】

                    中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會 

                    【承辦單位】

                    北京市計算中心 

                    【協辦單位】

                    云計算關鍵技術與應用北京市重點實驗室 

                    中國醫藥生物技術學會生物醫學信息技術分會 

                    北京市基因測序與功能分析工程技術研究中心 

                    中國生物工程雜志 

                    北京唐唐天下生物醫學信息科技有限公司

                    北京微生太科技有限公司

                    北京依托華茂生物科技有限公司

                    【培訓地點】

                    北京海淀區豐賢中路7號3號樓,北京市計算中心三層會議室 

                    【培訓時間】

                    2018.12.10-12 上午:9:30-12:00   下午:13:30–17:00

                    北京市計算中心·生物計算事業部培訓內容

                    生物分子結構預測與優化

                    該部分主要包含對蛋白質和小分子結構的構建與優化。對于未知結構的蛋白質分子,在已知基因或氨基酸序列基礎上,通過同源建模方法進行結構預測和同源構建。隨后在建模蛋白質結構基礎之上,利用動力學軟件進行分子動力學模擬,以得到其最優結構模式。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班

                    Modeller
                    Easy Modeller
                    Swift Modeller
                    Discovery Studio
                    Swiss Model I-TASSER
                    HOMCOS

                    圖1 蛋白質同源建模與相關軟件

                    通過經典化學構圖方法對小分子化合物進行結構構建,并采用量化軟件(Gaussian,ORCA等)計算分子電荷分布、分子軌道和反應活化能等對其進行結構優化。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班

                    圖2 小分子模型構建

                    生物分子間作用機理研究

                    生物分子間作用研究步驟,主要包含生物分子(蛋白-蛋白,蛋白-核酸和蛋白-配體)間相互作用模式。在獲悉生物分子間作用模式前,首先對蛋白質進行活性口袋鑒定,而后利用對接軟件進行分子間對接,并基于動力學軟件進行動態模擬,通過分析相互作用模式和分子間相互作用能等來鑒定分子間作用機理。

                    1. 分子對接

                    分子對接是分子模擬的重要方法之一,其本質是兩個或多個分子間的識別過程,涉及分子之間的空間匹配和能量打分,根據能量排名最終得到分子間的初步最優結構和結合模式。 
                    “蛋白-配體”間對接軟件繁雜,本中心已有軟件主要包括Autodock,Vina,Dock等等。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班

                    圖3-1 蛋白-配體分子對接 
                    2018分子模擬與蛋白互作研習班
                    圖3-2 蛋白-配體分子對接結果分析

                    目前針對“蛋白-蛋白”與“蛋白-核酸”分子間的對接軟件較少,最常用的為Rosetta。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班2018分子模擬與蛋白互作研習班
                    圖4 蛋白-核酸分子對接分析

                    2018分子模擬與蛋白互作研習班
                    圖5 蛋白-蛋白大分子對接與分析

                    1.分子動力學模擬

                    本中心目前擁有AMBER,GROMACS和NAMD等分子動力學軟件,依托本中心計算資源,短時間內可進行100ns時間跨度動力學模擬。通過對模擬軌跡進行聚簇等分析,可獲得分子間各狀態相對穩定構型,并通過分析分子間相互作用模式和相互作用能等來鑒定分子間作用機理。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班

                    2018分子模擬與蛋白互作研習班
                    圖6 分子動力學模擬與分析

                    藥物先導化合物篩選、結構修飾與優化  

                    隨著科技的發展,當前已經擁有龐大的生物分子數據庫以及各種各樣的藥物分子數據庫,而傳統的實驗手段已經難以從龐大的數據庫中快速的篩選出符合特定需求的分子體系。目前我們已經可以通過分析確定藥物的作用機制,并在此基礎上通過計算機模擬篩選的方式快速的篩選出符合特定條件的一系列分子,從而大大的加快分子篩選過程。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班
                    2018分子模擬與蛋白互作研習班
                    圖7通過分子對接和分子動力學模擬的手段來篩選所需要的分子

                    Cell、Nature、Science、PNAS發表文獻實例講解(舉例) 

                    隨著計算生物學的發展,目前該學科已經被廣泛認可。其中Cell、Nature、Science、PNAS、JMC等頂尖雜志中作圖出現頻率越來約為廣泛,我們將挑選文獻中相關圖形、表格,對整個文獻思路進行闡述,并遵照文獻中作圖進行原圖呈現,案例如下: 
                    (1)基因序列突變引發對應蛋白三維結構變化狀況分析; 
                    (2)小分子結合位點相互作用體系變化分析; 
                    (3)文獻作圖實例操作。


                    2018分子模擬與蛋白互作研習班


                    特色真正實戰經驗豐富的一線專業團隊,與您一起交流、學習、探討您工作中實際遇到和將要面對的問題。 

                    查看更多

                    中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會 中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專委會

                    中國生物工程學會(Chinese Society of Biotechnology,CSBT)成立于1993年,首任理事長:談家楨院士,現任理事長:高福院士。中國生物工程學會成立以來,主辦、承辦、協辦了多個國際、國內學術交流活動,為促進生物技術與生物產業發展、提高國民素質、促進經濟和社會發展等方面發揮了重要作用。

                    會議日程

                    (最終日程以會議現場為準)


                    日期

                    時間

                    課程名稱

                    課程內容

                    第一天

                    09:30-11:00

                    生物分子互作簡介

                    1. 生物分子互作原理 
                    2. 生物分子互作研究方法介紹

                    11:00-12:00

                    蛋白質數據庫

                    1. RCSB PDB數據庫介紹及使用 
                    2. RCSB PDB數據庫的使用 
                    3. PDB文件格式詳解

                    午餐、午休

                    13:30-15:00

                    蛋白結構分析

                    1. 分子互作可視化軟件Pymol、Chimera介紹 
                    2. Pymol軟件使用 
                    3. Chimera軟件使用

                    15:00-17:00

                    同源建模 
                    Homology modeling

                    1. 同源建模原理介紹 
                    2. Swiss-model在線同源建模 
                    3. 實例講解與練習

                    核酸三維結構獲取

                    1. 核酸結構理化性質概論 
                    2. Chimera等軟件核酸結構構建

                    化學小分子結構獲取

                    1. ChemDraw等化學專業構圖軟件介紹 
                    2. ChemDraw實例應用

                    第二天

                    09:30-12:00

                    分子對接 
                    Molecular docking

                    1. 分子對接理論介紹 
                    2. 分子對接軟件Autodock、Vina等軟件介紹 
                    2. 分子對接軟件(Autodock)的使用 
                    3. 實例講解與練習

                    午餐、午休

                    13:30-15:30

                    蛋白質-蛋白質對接

                    1. 大分子對接現狀分析 
                    2. 軟件Rosetta軟件介紹與使用 
                    2. 軟件z-dock軟件介紹與使用 
                    3. 實例講解與練習

                    蛋白質-核酸對接

                    15:30-14:00

                    虛擬篩選 
                    Virtual Screening

                    1. 計算機輔助虛擬篩選介紹 
                    2. ZINC等小分子數據庫介紹與應用 
                    2. Autodock vina介紹及使用 
                    3. 1000體系數據庫虛擬篩選實例與練習

                    第三天

                    09:30-12:00

                    藥物先導化合物設計與改造

                    1. 結構上闡述:藥物耐藥性機理 
                    2. 以雌激素受體為例,在生物和化學基礎上闡述藥物改造機制 
                    3. 相關問題答疑;

                    午餐、午休

                    13:30-16:00

                    文章作圖 
                    實例操作

                    1. 挑選最新Cell、Nature、Science、PNAS等高端雜志論文,進行生物計算論文思路闡述; 
                    2. 挑選Cell、Nature、Science、PNAS等雜志中圖形、表格,實例操作

                    16:00~

                    聽課老師們在做項目探討解疑

                    查看更多

                    會議嘉賓


                    即將更新,敬請期待

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                    會議門票 場館介紹


                    報名費用 

                    培訓費4000元,(含聽課費、資料費、上機費,請自帶筆記本電腦以備上機實踐使用); 教材:《高通量測序與高性能計算理論和實踐》北京科學技術出版社; 附近最近酒店為:如家酒店(永豐店),可自行網上預定,食宿自理。 

                    報名優惠政策 

                    1、11.26日前報名并繳費可優惠200元; 

                    2、3人以上團體報名每人可減少300元; 

                    3、4+1團報,可免費贈送一個名額; 

                    以上優惠政策不能同時享受,只能享受其中一種。 

                    培訓以收到學員培訓費為成功報名,培訓座位按收到費用先后順序安排. 

                    注:培訓前一周前后,會有郵件/電話通知開班與否;如未收到,請電話聯系確認。

                    查看更多

                    北京市計算中心 北京市計算中心

                    北京市計算中心建立于一九七三年,是國內最早一批計算中心之一,是中國最早、最具影響力的從事計算機應用技術研究及推廣的機構,服務對象則涉及工業、商業、交通、能源、環保金融、稅務、社會事務等多個領域。北京市計算中心自成立以來,完成了上百項國家和北京市政府有關部門委托的研究項目和面向多種用戶的服務型項目。先后獲得國家及省部級成果獎30多項、,擁有了200余項國際國內領先的技術和產品,為中國計算機的普及、應用和發展做出了杰出貢獻

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                    • 北京深度制耀科技有限公司

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