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              首页 > 商务会议 > 医疗医学会议 > 2018分子模拟与蛋白互作研习班(12月北京班) 更新时间:2018-12-06T10:45:34

              大会站点分布:
              (点击可切换)
              2018分子模拟与蛋白互作研习班(12月北京班)
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              2018分子模拟与蛋白互作研习班(12月北京班) 已截止报名

              会议时间:2018-12-10 09:30至 2018-12-12 17:00结束

              会议地点: 北京  北京市计算中心  海淀区丰贤?#26032;?号

              会议规模:暂无

              主办单位: 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会

              推荐会议:MOSEC 移动安全技术峰会

              发票类型:增值税普通发票 增值?#30333;?#29992;发票

              行?#31561;?#38144;热门关注看了又看 换一换

                    会议介绍

                    会议内容 主办方介绍


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班(12月北京班)

                    2018分子模拟与蛋白互作研习班(12月北京班)宣传图

                    蛋白质组学是研究生命科学现象与科学规律的重要途径,在各个研究领域都有广泛应用。

                    有许多蛋白质相关的数据库资源及生物信息学分析工具,在研究蛋白质的鉴定、结构分析与模拟、蛋?#23376;?#26680;酸相互作用、与蛋白-蛋白相互作用、分子对接,乃至分子相互作用网络等各个层面为科学研究提供助力。

                    为进一步推进相关研究发展,助力广大科研工作者提高蛋白质组学相关数据分析及生物信息学技能,

                    北京市计算中心生物计算事业部推出“蛋白质组学及分子模拟”研习班。欢迎您参加! 

                    【主办单位】

                    中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会 

                    【承办单位】

                    北京市计算中心 

                    【协办单位】

                    云计算关键技术与应用北京市重点实验室 

                    中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会 

                    北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心 

                    中国生物工程?#21448;?nbsp;

                    北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司

                    北京微生太科技有限公司

                    北京依?#35874;?#33538;生物科技有限公司

                    【培训地点】

                    北京海淀区丰贤?#26032;?号3号楼,北京市计算中心三层会议室 

                    【培训时间】

                    2018.12.10-12 上午:9:30-12:00   下午:13:30–17:00

                    北京市计算中心·生物计算事业部培?#30340;?#23481;

                    生物分子结构预测与优化

                    该部分主要包含对蛋白质?#25176;?#20998;子结构的构建与优化。对于未知结构的蛋白质分子,在已知基因或氨基酸序?#35874;?#30784;上,通过同源建模方法进行结构预测和同源构建。随后在建模蛋白质结构基础之上,利用动力学软件进行分子动力学模拟,以得到其最优结构模式。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班

                    Modeller
                    Easy Modeller
                    Swift Modeller
                    Discovery Studio
                    Swiss Model I-TASSER
                    HOMCOS

                    图1 蛋白质同源建模与相关软件

                    通过经典化学构图方法对小分子化合物进行结构构建,并采用量化软件(Gaussian,ORCA等)计算分子电荷分布、分子轨道和反应活化能等对其进行结构优化。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班

                    图2 小分子模型构建

                    生物分子间作用机理研究

                    生物分子间作用研究步骤,主要包含生物分子(蛋白-蛋白,蛋白-核酸和蛋白-配体)间相互作用模式。在获悉生物分子间作用模式前,首先对蛋白质进行活性口袋鉴定,而后利用对接软件进行分子间对接,并基于动力学软件进行动态模拟,通过分析相互作用模式和分子间相互作用能等来鉴定分子间作用机理。

                    1. 分子对接

                    分子对接是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子间的识别过程,涉及分子之间的空间匹配和能量打分,根据能量排名最终得到分子间的初步最优结?#36141;?#32467;合模式。 
                    “蛋白-配体”间对接软件繁杂,本中心已有软件主要包括Autodock,Vina,Dock等等。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班

                    图3-1 蛋白-配体分子对接 
                    2018分子模拟与蛋白互作研习班
                    图3-2 蛋白-配体分子对接结果分析

                    目前针对“蛋白-蛋白”与“蛋白-核酸”分子间的对接软件较少,最常用的为Rosetta。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班2018分子模拟与蛋白互作研习班
                    图4 蛋白-核酸分子对接分析

                    2018分子模拟与蛋白互作研习班
                    图5 蛋白-蛋白大分子对接与分析

                    1.分子动力学模拟

                    本中心目前拥有AMBER,GROMACS和NAMD等分子动力学软件,依托本中心计算资源,短时间内可进行100ns时间跨度动力学模拟。通过对模拟轨迹进行聚簇等分析,可获得分子间各状态相对稳定构型,并通过分析分子间相互作用模式和相互作用能等来鉴定分子间作用机理。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班

                    2018分子模拟与蛋白互作研习班
                    图6 分子动力学模拟与分析

                    药物先导化合物筛选、结构修饰与优化  

                    随着科技的发展,当前已经拥?#20449;?#22823;的生物分子数据库以及各?#25351;?#26679;的药物分子数据库,而传统的实验手段已经难?#28304;优?#22823;的数据库中快速的筛选出符合特定需求的分子体系。目前我们已经可以通过分析确定药物的作用机制,并在此基础上通过计算机模拟筛选的方式快速的筛选出符合特定条件的一系列分子,从而大大的加快分子筛选过程。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班
                    2018分子模拟与蛋白互作研习班
                    图7通过分子对接和分子动力学模拟的手段来筛选所需要的分子

                    Cell、Nature、Science、PNAS发表?#21335;资道?#35762;解(举例) 

                    随着计算生物学的发展,目前该学科已经被广泛认可。其中Cell、Nature、Science、PNAS、JMC等顶尖?#21448;?#20013;作图出现频率越来?#22025;?#24191;?#28023;?#25105;们将挑选?#21335;?#20013;相关图形、表格,对整个?#21335;?#24605;路进行阐述,并遵照?#21335;?#20013;作图进行原图呈现,案例如下: 
                    (1)基因序?#22411;?#21464;引发对应蛋白三维结构变化状况分析; 
                    (2)小分子结合位点相互作用体?#24403;?#21270;分析; 
                    (3)?#21335;?#20316;图实例操作。


                    2018分子模拟与蛋白互作研习班


                    特色真正实战经验丰富的一线专业团队,与您一起交流、学习、探讨您工作中实际遇到和将要面对的问题。 

                    查看更多

                    中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会

                    中国生物工程学会(Chinese Society of Biotechnology,CSBT)成立于1993年,首任理事长:谈家桢院士,现任理事长:高福院士。中国生物工程学会成立以来,主办、承办、协办了多个国际、国内学术交流活动,为促进生物技术与生物产业发展、提高国民素质、促进经济和社会发展等方面发挥了重要作用。

                    会议日程

                    (最终日程以会议现场为准)


                    日期

                    时间

                    课程名称

                    课程内容

                    第一天

                    09:30-11:00

                    生物分子互作简介

                    1. 生物分子互作原理 
                    2. 生物分子互作研究方法介绍

                    11:00-12:00

                    蛋白质数据库

                    1. RCSB PDB数据库介绍及使用 
                    2. RCSB PDB数据库的使用 
                    3. PDB文件格式详解

                    午餐、午休

                    13:30-15:00

                    蛋白结构分析

                    1. 分子互作可视化软件Pymol、Chimera介绍 
                    2. Pymol软件使用 
                    3. Chimera软件使用

                    15:00-17:00

                    同源建模 
                    Homology modeling

                    1. 同源建模原理介绍 
                    2. Swiss-model在线同源建模 
                    3. 实例讲解与练习

                    核酸三维结构获取

                    1. 核酸结构理化性质概论 
                    2. Chimera等软件核酸结构构建

                    化学小分子结构获取

                    1. ChemDraw等化学专业构图软件介绍 
                    2. ChemDraw实例应用

                    第二天

                    09:30-12:00

                    分子对接 
                    Molecular docking

                    1. 分子对接理论介绍 
                    2. 分子对接软件Autodock、Vina等软件介绍 
                    2. 分子对接软件(Autodock)的使用 
                    3. 实例讲解与练习

                    午餐、午休

                    13:30-15:30

                    蛋白质-蛋白质对接

                    1. 大分子对接现状分析 
                    2. 软件Rosetta软件介绍与使用 
                    2. 软件z-dock软件介绍与使用 
                    3. 实例讲解与练习

                    蛋白质-核酸对接

                    15:30-14:00

                    虚拟筛选 
                    Virtual Screening

                    1. 计算机辅助虚拟筛选介绍 
                    2. ZINC等小分子数据库介绍与应用 
                    2. Autodock vina介绍及使用 
                    3. 1000体系数据库虚拟筛选实例与练习

                    第三天

                    09:30-12:00

                    药物先导化合物设计与改造

                    1. 结构上阐述:药物耐药性机理 
                    2. ?#28304;?#28608;素受体为例,在生物和化学基础上阐述药物改造机制 
                    3. 相关问题答疑;

                    午餐、午休

                    13:30-16:00

                    文章作图 
                    实例操作

                    1. 挑选最新Cell、Nature、Science、PNAS等高端?#21448;?#35770;?#27169;?#36827;行生物计算论?#20035;?#36335;阐述; 
                    2. 挑选Cell、Nature、Science、PNAS等?#21448;?#20013;图形、表格,实例操作

                    16:00~

                    听课老师们在做项目探讨解疑

                    查看更多

                    会议嘉宾


                    即将更新,敬请期待

                    参会指南

                    会议门票 场馆介绍


                    北京市计算中心 北京市计算中心

                    北京市计算中心建立于一九七三年,是国内最早一批计算中心之一,是中国最早、最具影响力的从?#24405;?#31639;机应用技术研究及推广的机构,服务对象则涉及工业、商业、交通、能源、?#32321;?#37329;融、税务、社会事务等多个领域。北京市计算中心自成立以来,完成?#26494;习?#39033;国家和北京市政府有关部门委托的研究项目和面向多种用户的服务型项目。先后获得国家及省部级成果奖30多项、,拥有了200余项国际国内领先的技术和产品,为中国计算机的普及、应用和发展做出了杰出贡献

                    温馨提示
                    ?#39057;?#19982;住宿: 为防止极端情况下活动延期或取消,建议“异地客户”与活动家客服确认参会信息后,再安排出行与住宿。
                    退款规则: 活动各项资源需提?#23433;曬海?#36141;票后不支持退款,可以换人参加。

                    活动家为本会议官方合作
                    报名?#25945;ǎ?#24744;可在线购票

                    会议支持:

                    • 会员折扣
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                    • 会员返积分
                      每消费1元累积1个会?#34987;?#20998;。
                      仅PC站支持。
                    • 会?#34987;?#20998;抵现
                      根据会员等级的不同,每抵用1元可使用的积分也不一样,具体可参见PLUS会员页面。 仅PC站支持。

                    会议地点 查看大图

                    部分参会单位

                    • 北京深度制耀科技有限公司

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